Извечная проблема о том, как добавлять и обновлять плагины в vim решилась благодаря легендарному Tim Pope.

Сегодня утром узнал от Ярослава Маркина о существовании pathogen.

Статья на английском о том, как им пользоваться, лежит здесь. Правда, я потратил полчаса, чтобы догадаться, что надо добавить call pathogen#runtime_append_all_bundles() в файл ~/.vimrc.

После установки pathogen.vim в /.vim/autoload можно хранить все плагины в папке /.vim/bundle, причем каждый в своей папке.

А еще огромный плюс - в конце этой статьи код, который позволяет обновлять все плагины одной командой.